Может кому пригодится. При переключении между рабочими областями в Phpstorm пропадает курсор в редакторе. Нужно тыкнуть мышкой, чтобы курсор появился до следующего переключения. Лечится перезапуском i3mw. Нужно нажать Mod+Shift+R, после этого курсор перестаёт пропадать.

После обновления phpstorm до версии 2018.1 поменялся порядок отрисовки всплывающих меню. Новые меню оказывались не сверху, а снизу старых. Переключил Phpstorm со встроенной Java на openjdk, отрисовка починилась. Насколько я понимаю, такое же поведение будет у всех продуктов JetBrains.